Story:
O protagonista do jogo é Shay Patrick Cormac, um recruta de 24 anos da Ordem dos Assassinos, que cresce desiludido com os métodos e a causa da Ordem, mesmo quando a sua carreira começa a dar os primeiros passos. Eventualmente, ele é traído e abandonado pelos Assassinos, depois de um "TRABALHO" em Lisboa acabar em desastre. Deste modo, junta-se aos Templários, oferecendo os seus serviços como Caçador de Assassinos para conseguir ter uma OPORTUNIDADE de vingança. As acções de Cormac irão ter consequências no futuro da Irmandade. Cormac tem ligações aos eventos que ocorrem em Assassin's Creed Unity.
Haytham Kenway - antagonista secundário e jogável por um período em Assassin's Creed III - aparecerá no jogo, bem como Achilles Davenport, mentor de Ratonhnhaké:ton, e Adéwalé, companheiro de Edward Kenway em Black Flag, e o protagonista de Freedom Cry.

Rogue decorre entre 1752 e 1761 durante o conflito Franco-Indígena, um dos palcos da Guerra dos Sete Anos, e tem lugar em várias localizações da América do Norte, incluindo o Atlântico Norte, o Grande Vale Apalache, Alabama, Quebeque e Nova Iorque